Jakten på coronamutationer trappas upp i Sverige

Sverige växlar upp bevakningen av vilka virusvarianter som är i omlopp. Nu ska coronavirusets arvsmassa från en tiondel av alla nysmittade svenskar kartläggas i detalj.

Personalen på Centrum för molekylär diagnostik i Lund har jobbat intensivt under de senaste veckorna för att bygga upp analyskapaciteten.

Sekvenseringsmaskiner finns redan, men vanligtvis är det inte arvsmassa från virus, utan från bakterier och mänskliga celler, som brukar kartläggas här. En första utmaning har varit att få tag i nödvändigt material.

– Det har blivit en enorm rusning efter alla typer av reagens och plastmaterial, eftersom alla ska sekvensera, säger sektionschef Sofia Gruvberger Saal.

Läs mer: Gamla munskydd gav starkare betong: ”Mycket nöjda”

När det började talas om den brittiska mutationen i december anade hon att uppdraget att börja leta efter den och alla andra virusvarianter skulle landa här.

– Nu har vi lyckats få till det, men vi har fått trycka på lite. Vi har kontakter på de här företagen sedan tidigare.

30 000 “bokstäver”

Mikrobiolog Jonas Björkman liknar virusets arvsmassa vid ett jättelångt ord med 30 000 bokstäver. Ordet består bara av bokstäverna C, G, T och A, men frågan är i vilken ordningsföljd de kommer. Svaret ges i sekvenseringsmaskinen.

I en muterad variant av coronaviruset är bokstäverna utbytta eller lite omkastade på några ställen.

– Typiskt sett är det bara en handfull förändringar när vi tittar på en variant. Det är bara någon promille av “bokstäverna” som skiljer de olika kända mutationsvarianterna åt, säger Björkman.

Jonas Björkman, mikrobiolog, och Sofia Gruvberger Saal, sektionschef vid Centrum för molekylär diagnostik. Foto: Johan Nilsson/TT

Men även små omkastningar i ordningsföljden kan få stora konsekvenser för virusets egenskaper, till exempel hur smittsamt det är eller om det är resistent mot vaccin – därav storsatsningen på sekvensering.

Högprioriterade grupper

På labbet i Lund, som hör till Region Skåne, kan virusprover från hela den södra sjukvårdsregionen komma att analyseras. Eftersom målsättningen är att kartlägga virus från en tiondel av dem som testats positivt blir smittläget avgörande för antalet.

– Om en tredje våg kommer blir ju tio procent många fler i antal per vecka än det är nu, säger Gruvberger Saal.

Läs mer: Brittisk variant av coronaviruset påträffad i 60 länder

Målet är att kartlägga ett representativt urval av dem som insjuknar i covid-19 för att få en bild av vilka virusvarianter som är i omlopp. Men några grupper kommer man att hålla ett särskilt öga på, till exempel hemvändande resenärer som testats positivt för covid-19.

Om personer insjuknar i covid-19 trots vaccinering blir detta förstås också en högprioriterad grupp att kartlägga, liksom de som smittas i lokala utbrott.

– Vi letar både efter kända mutationer och efter nya, säger Björkman.

Fakta: Så undersöks virusvarianterna

Laboratoriet får in ett urval av virus från avdelningen för klinisk mikrobiologi. Det kommer i form av virus-RNA, som har extraherats och renats. Viruset är inaktiverat och kan alltså inte smitta. Det ligger i vätska i små plattor med plats för virus från 96 patienter på varje.

Först görs viruset om från RNA-form till dna-form.

Eftersom det är en så liten mängd virus från varje patient, som inhämtats genom topsning i näsa och svalg, tillverkas sedan viruskopior så att mängden blir större.

Provet renas i en maskin med hjälp av magneter.

Varje virus förses med en märkning, som gör att man kan hålla reda på vilket virus som kommer från vilken människa. I detta led tillförs viruset också en sekvens som gör att det kan binda till instrumentet i sekvenseringsmaskinen.

Virus från 380 olika personer kan därefter läggas i cirka en milliliter vätska, som förs in i sekvenseringsmaskinen.

Maskinen läser av virusproverna och med hjälp av olika reagens kartläggs arvsmassans uppbyggnad.

Data från sekvenseringsmaskinen bearbetas sedan i en beräkningsdator.

Source link