Ny Teknik | Har jag varit smittad? Nya testet ska ge svar


Forskare landet runt går samman i kampen mot det nya coronaviruset. På testfronten finns två huvudspår: att identifiera de som är smittade och att identifiera de som redan kan ha blivit immuna.

Det är onsdag förmiddag och en grupp forskare på Scilifelab i Solna har precis börjat testa ett protein från det nya coronaviruset sars-cov-2.

Proteinet har precis kommit från Kina. Det kan bli en viktig pusselbit för att ta reda på vilka som redan har varit infekterade av sars-cov-2 – och vilka som kan ha blivit immuna.

Ett enkelt blodprov ska räcka för att se om någon har utvecklat antikroppar mot det nya viruset. Det kan öppna för att fler inom exempelvis vården kan återgå till ett normalt liv och börja jobba igen – utan att behöva oroa sig för att åter bli smittade eller smitta andra.

Läs mer: Så har de löst tekniken i jättefältsjukhuset i Älvsjö

Ambitionen är att analysera hundratals prover i veckan redan i april, och att öka kapaciteten till tusentals prover i veckan i maj.

– Vi har en teoretisk kapacitet på 7 000 prover i veckan, i den infrastruktur vi har i dag. Den kapaciteten kan utökas om vi har möjlighet att öka antalet instrument.

Det berättar Peter Nilsson, som är professor i proteomik på KTH och verksam vid Scilifelab, ett nationellt centrum för molekylära biovetenskaper. Han leder arbetet för att utveckla analysmetoder vid testning av sars-cov-2.

Labbet på Scilifelab har en teoretisk kapacitet på 7 000 prover i veckan, berättar Peter Nilsson. Han leder arbetet för att utveckla analysmetoder vid testning av sars-cov-2. Foto: Privat

Forskarna ska dels utgå från den plattform som har utvecklats inom ramen för Human Protein Atlas. Den ska bland annat användas för att generera ett stort antal av det nya virusets proteiner och varianter av dessa. Den andra delen är en analysplattform som utvecklas på Scilifelab.

Proteinerna kan användas för att snabbanalysera om det finns antikroppar mot det nya viruset i blodet hos dem som har provtagits.

– På samma gång som vi kan analysera hundratals proteinvarianter kan vi med den här plattformen analysera hundratals prover. Det sker alltså uppskalning av analysen i två dimensioner. Vi har lagt stor möda på att själva kartlägga alla proteinvarianter och att köpa in de som behöver köpas in. Inom ett par veckor kan de vara drygt hundra stycken, sammanfattar Peter Nilsson för Ny Teknik.

August Jernbom Falk, Shaghayegh Bayati och Eni Andersson testar ett nyanlänt protein från sars-cov-2. Foto: Tobias Ohls

Att forskarna vill titta på så många olika slags proteinvarianter såhär i början beror på att man inte riktigt vet vilka delar av viruset som kroppen skapar ett immunförsvar mot. Det kan också finnas individuella skillnader.

Något annat vi fortfarande inte vet är hur många dagar, eller veckor, det tar för kroppen att skapa antikroppar i tillräcklig mängd för att vara möjliga att analysera.

På sikt kan analyser som de som forskarna vid Scilifelab bidrar till att ge en mycket bredare bild av hur det faktiskt ligger till och hur vi reagerar på viruset.

Läs mer: Det här vet vi om immunitet mot covid-19

Scilifelab hoppas att i samarbete med Danderyds sjukhus snart kunna provta alla coronapositiva patienter som vårdas på sjukhuset och hela sjukhusets vårdpersonal. Genom att provta dem varannan dag och analysera proverna kan man följa immunförsvarets utveckling. På så sätt kan forskarna också ta reda på vilka som har byggt upp en immunitet mot det nya viruset.

– Det kan få en enorm påverkan för verksamheten i vården, säger Peter Nilsson.

I veckan har forskarlaget i Solna också börjat analysera prover från tillfrisknade covid-19-patienter. Förhoppningen är att tillfrisknades blodplasma ska kunna stärka immunförsvaret hos svårt sjuka patienter på Karolinska universitetssjukhuset.

Hur vet man om någon är smittad?

Coronavirus är en familj av höljeförsedda enkelsträngade rna-virus. Sars-cov-2 har alltså byggt upp sin genetiska kod av ribonukleinsyra, rna, och inte dna.

För att se om någon är smittad av sars-cov-2 fungerar det i dagsläget enkelt beskrivet så här: Vården tar prover från en patients näsa och svalg med hjälp av en testpinne. Om du är smittad innehåller det slem som fastnar på pinnen rna från viruset, vilket kan påvisas vid analys av provet.

I Sverige har personer som är i behov av vård på sjukhus och personal inom sjukvård och äldreomsorg med misstänkt covid-19 varit prioriterade för testning. Detta bland annat för att vårdpersonal med förkylningssymptom ska kunna gå till jobbet försäkrade om att de inte har smittats av det nya viruset. Men nyligen meddelade regeringen att testkapaciteten ska utökas och omfatta fler med samhällskritiska jobb, som poliser och brandmän.

Per Sikora. Foto: Tobias Ohls

Per Sikora är förste ingenjör på Klinisk genetik och genomik vid Sahlgrenska universitetssjukhuset och ansvarig för Clinical Genomics Göteborg på Scilifelab. Tillsammans med forskare på Karolinska institutet koordinerar han ett landsomfattande arbete för att bygga upp de resurser som behövs för att kunna utöka testkapaciteten för det nya coronaviruset.

En del av det här arbetet går ut på att få igång ett labb för utökad testning och diagnostik vid Centre for Translational Microbiome Research, CTMR, i Stockholm.

– Det handlar om direkttestning i nya och bredare samhällsgrupper, för att ta reda på om någon är sjuk eller inte. Det är det vi inte har haft möjlighet att prioritera innan, förklarar Per Sikora för Ny Teknik.

Att få igång ett labb för provanalys är inga problem, säger Per Sikora. Svårigheten är att få till all logistik. Det handlar till exempel om hur man ska få ut alla testkit till dem som ska provtas, hur man ska hålla koll på vilka som har valts ut för provtagning, hur proverna ska nå labbet och hur provsvaren ska hanteras.

Läs mer: ”Halva Sveriges befolkning smittad av coronaviruset i april”

Instrumenten och de testkit som ska användas kommer från Kina och den analys som används kallas qPCR, eller realtids-PCR. PCR står för polymeraskedjereaktion och q:et är en förkortning av engelskans ord för kvantitet. Metoden gör det möjligt att detektera och verifiera förekomsten av det nya viruset.

När ett prov har tagits, med testpinne i näsan och svalg, placeras det i ett rör. Sedan avdödas viruset, som är väldigt infektiöst. Därefter gör man en extraktion av rna. I nästa steg görs en kopia av rna:t, med hjälp av ett enzym. Detektionen av viruset sker med hjälp av qPCR-tekniken, där man alltså letar efter förekomsten av virusets arvsmassa i provet.

På sikt, kanske inte nästa vecka men om ett par, vill forskare vid Scilifelab börja göra helsekvenseringar av det nya coronaviruset. Det innebär att man läser in hela rna:t.

– Genom att göra detta, och titta på rna:t kan vi till exempel få genetisk information om var viruset kommer ifrån. Då kan du se om det virus som någon har liknar det som finns i exempelvis Island eller Finland, berättar Per Sikora.

Att ett par veckor blivit samma sak som ”på sikt” visar hur snabbt det har gått på forskningsfronten. Allt rör sig också väldigt fort just nu och Per Sikora tror att mycket kommer att hända under de närmaste veckorna.

– Det är väldigt kul att se hur hela Sverige sluter upp kring det här och hur alla vill hjälpa till, säger han.

Ulf Gyllensten. Foto: Privat

Sedan en dryg vecka tillbaka pågår även ett arbete för att identifiera alternativa testmetoder för coronavirus vid Scilifelabs genomikplattform. Arbetet leds av Ulf Gyllensten, professor vid institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet.

Att hitta alternativ är viktigt av två skäl. För det första: om det skulle uppstå leveransproblem med de tester som nu används. För det andra: för att hitta metoder som är enklare, snabbare och billigare än de som används i dag.

Skulle forskare till exempel hitta en teknik där man kan få ut rna direkt, i stället för att behöva använda ett antal steg i extraktionen, kan analysen av ett prov gå fortare.

– Om ett test bara tar en halvtimme skulle vi kunna erbjuda vårdpersonal att ta ett prov varje dag, när de kommer till jobbet, säger Ulf Gyllensten till Ny Teknik.

Hög specificitet och hög känslighet viktigt

Det är avgörande att de tester som används ger ett säkert resultat. Det finns många olika tester för sars-cov-2 och alla har inte hållit måttet. Spanien köpte till exempel in ett test från ett kinesiskt bolag som visade sig ge inkorrekt svar i 30 procent av fallen, berättar Ulf Gyllensten.

Bolaget som sålde testet visade sig inte ha fått produkten godkänt av de kinesiska myndigheterna.

I USA tog smittskyddsmyndigheten CDC fram ett eget test som också visade sig innehålla felaktigheter. Det kan ha gjort att landet tappade viktiga veckor i sitt smittskyddsarbete.

– Det test som vi kommer att använda för kraftig ökning av kapaciteten för rutintestning kommer från Kina och har godkänts. De har hög specificitet och hög känslighet om provet görs på ett korrekt sätt, över 98 procent, berättar Ulf Gyllensten.

Läs mer: Det här vet vi om coronaviruset

Det finns också metoder för självprovtagning. Om de blir tillräckligt bra skulle individer kunna ta prover på sig själva och sedan skicka det vidare för analys till ett testlabb, som ger svar på om man är smittad eller inte.

– Självprovtagning skulle innebära en enorm avlastning för sjukvården och göra att de som är förkylda men inte infekterade av coronavirus utan risk kan lämna sin isolering och återgå till arbetet. Men där är vi inte nu. Vi har metoder vi ska titta på, säger Ulf Gyllensten.

Så ska Scilifelab tackla det nya viruset

Scilifelab är ett nationellt centrum för molekylära biovetenskaper, som nu kraftsamlar i kampen mot det nya coronaviruset. Där finns fyra huvudspår:

*utöka kapaciteten för analys av prover

*koordinera en biobank

*studera olika behandlingar och mutationer i virusets arvsmassa

*utveckla nya testmetoder för de antikroppar som tillfrisknade personer utvecklar





Source link